Biji ditanam dengan jarak tanam 1 sampai 1,5 x 2 cm. Selanjutnya, siram biji yang sudah ditanam.
Baca juga: 11 Penyakit yang Kerap Menyerang Tanaman Jeruk Nipis dan Solusinya
Beri atap pada persemaian untuk melindungi benih. Setelah tingginya 20 cm, yakni pada umur 3 sampai 4 bulan, pindah tanam ke polybag.
Isi polybag dengan media semai yang terdiri dari pupuk kandang dan sekam (1:1) atau pupuk kandang, sekam, dan pasir (1:1:1).
Perbanyakan vegetatif dapat dilakukan dengan sambung pucuk dan mata tempel, dengan memilih batang bawah dari jenis jeruk yang akarnya kuat dan luas, daya adaptasi lingkungan tinggi, tahan kekeringan, serta toleran terhadap penyakit (virus, busuk akar, dan nematoda).
Batang bawah yang sehat memiliki ciri diameter batang 2-3 cm, permukaan batang halus, akar serabut banyak, akar tunggang berukuran sedang, memiliki sifat-sifat yang sama seperti induknya.
Baca juga: Cara Menanam Jeruk Nipis di Pot, Bisa di Halaman Rumah
Sebelum dilakukan penanaman, perlu persiapan lahan, dengan membersihkan tanah dari sisa-sisa tanaman terdahulu, gulma, dan tanaman pengganggu lainnya. Gemburkan tanah, lalu buat bedengan berukuran 1 x 1 x 1 meter.
Buat lubang tanam berukuran 50 x 50 x 50 cm atau 60 x 60 x 75 cm dengan jarak tanam 5 x 5 cm atau 5 x 6 cm. Jarak tanam disesuaikan dengan ukuran bibit dan banyaknya bibit yang akan ditanam.
Biarkan lubang tanam tetap terbuka selama dua minggu agar mikroorganisme merugikan mati terkena panas matahari. Campurkan tanah bekas galian lubang dengan 20 kg bahan organik (3 bagian tanah, 1 bagian pasir, dan 2 bagian pupuk kandang) atau 25 kg pupuk kandang/kompos dan 100 gram pupuk NPK.