Hama ini banyak menimbulkan kerugian baik secara kuantitas maupun kualitas dan pada tanaman mangga harumanis dapat meyebabkan kerusakan sampai 90 persen.
Secara kuantitas, buah-buah muda atau sebelum matang akan rontok sehingga bisa mengurangi jumlah buah yang dipanen. Secara kualitas buah-buahan akan busuk dan banyak belatungnya.
Rata-rata kerugian akibat serangan lalat buah pada mangga mencapai 51 kg per pohon.
Baca juga: 6 Hama Tanaman Kentang yang Merugikan
Selain itu, lalat buah juga merupakan vektor atau pembawa bakteri Escerichia coli dan penyakit darah pisang.
Pengendalian lalat buah yang banyak dilakukan petani adalah menggunakan insektisida kimia yang diaplikasikan pada buah dan sayuran agar telur yang diletakkan serangga lalat buah dewasa tidak mau menetas atau kalau menetas tidak mampu menyerang buah yang menjadi letak bertelurnya serangga.
Namun demikian, upaya membasmi lalat buah dengan insektisida, selain boros dan sulit mengenai sasaran (selalu bergerak), mengakibatkan pencemaran lingkungan dan meninggalkan residu pada buah.
Cara lain untuk melindungi lalat buah pada pohon mangga adalah dengan memberongsong atau membungkus buah mangga sejak kecil.
Baca juga: 7 Hama Tanaman Strawberry yang Merusak Tanaman
Namun, hasil penelitian preferensi konsumen yang familiar dengan buah mangga menunjukkan bahwa rata-rata mereka tidak menyukai buah mangga yang dibungkus (diberongsong).