Upaya pengendalian yang dapat dilakukan adalah pergiliran tanaman, pemupukan berimbang, menghindari pemberian N tinggi dan K rendah, drainase yang baik.
Pengendalian penyakit busuk batang (Fusarium) secara hayati dapat dilakukan dengan cendawan antagonis Trichoderma sp.
Pengendalian secara kimiawi menggunakan fungisida berbahan aktif benomil, metalaksil atau propamokarb hidroklorida dengan dosis atau konsentrasi sesuai petunjuk pada kemasan.
Baca juga: Ketahui, Ini Ciri-ciri Tanaman Jagung Kekurangan Magnesium
Gejala penyakit ini adalah munculnya bercak-bercak kecil (uredinia) berbentuk bulat sampai oval terdapat pada permukaan daun jagung di bagian atas dan bawah.
Uredinia menghasilkan uredospora yang berbentuk bulat atau oval dan berperan penting sebagai sumber inoculum dalam menginfeksi tanaman jagung yang lain dan sebarannya melalui angin.
Penyakit karat dapat terjadi di dataran rendah sampai tinggi dan infeksinya berkembang baik pada musim penghujan atau musim kemarau.
Upaya pengendalian yang dapat dilakukan yaitu dengan pemusnahan seluruh bagian tanaman terserang sampai ke akarnya. Pengendalian secara kimiawi dapat dilakukan dengan aplikasi fungisida berbahan aktif benomil, metil tiofanat, karbendazim, atau difenokonazole dengan dosis atau konsentrasi sesuai dengan petunjuk pada kemasan.
Baca juga: Manfaat Fosfor untuk Tanaman Jagung dan Gejala Kekurangannya
Penyakit bercak daun pada tanaman jagung dikenal dua tipe menurut ras patogennya, yaitu ras O dan T.